Преподобни Йоаникий бил роден в малоазийската област Витиния. Баща му се наричал Миритрикий, а майка му Анастасия. Йоаникий от младини бил възпитан в страх Божи. Още като малко момче, когато бил овчарче, той горял от желание да служи на Бога. Отличавал се между своите връстници с добродетелите си - кротост, смирение, търпение и послушание. Имал голямо влечение към молитвата. Когато наближавало време за молитва, за да не мисли за стадото, той го благославял с кръстно знамение, отдалечавал