Неврокопският митрополит Натанаил се обяви срещу отварянето на досиетата. Той призовава колегите си да не предоставят на Комисията по досиетата необходимите данни, за да продължи проверката в Българската православна църква. По думите на владиката с проверките се цели "нов тотален контрол над Българската православна църква, по-лош и по-коварен от комунистическия". Според дядо Натанаил намесата във вътрешноорганизационния църковен живот от страна, на когото и да било, е грубо нарушаване на отделеността на Църквата от държавата. След като станаха известни имената на 11-те висши духовници сътрудници на Държавна сигурност, свещеници от Неврокопската епархия  поискаха митрополит Натанаил и останалите владици с досиета да се оттеглят.