В началото на 50-те години поне 10% от всички православни свещеници са изпратени в лагери или затвори, а през 1948 г. е убит един от водачите на опозицията в Синода - Неврокопският митрополит Борис. Но това не успява да пречупи опозицията сред висшето духовенство. Комунистическата власт заварва по същество същия състав на Синода, който взима участие в кампанията по спасяването на българските евреи. В този момент сред митрополитите има забележителни духовници, известни със своето високо образование, широки международни връзки и авторитет сред вярващите.