Ген. Стоян Тонев е роден на 3 декември 1953 г. в Кърджали. Завършва медицина във ВМИ -Пловдив през 1979 г. Работи като началник на медицинска служ6а на авиополка в Чешнигирово (1979-1981 г.). След това е началник на кабинет по кожни болести във военна болница -Пловдив; главен асистент и началник отделение в Клиниката по кожни и венерически забо