Издигането на Бойко Атанасов по високите етажи в НАП започна по времето на бившата шефка на данъчната агенция Мария Мургина. През 2006 г. тя го направи шеф на НАП-София, а през 2007 г. го издигна начело на дирекция “Обжалване и управление на изпълнението”. Няколко месеца преди края на мандата на тройната коалиция Атанасов стана зам.-директор.