Аргументите на противниците на ваксините са различни, но най-често са повлияни от информация за възможните нежелани ефекти.

Най-често употребяваните мотиви са четири: подозрения, че комбинираната ваксина срещу морбили, паротит и рубеола (MMR) има връзка с проявите на аутизъм, опасението, че тимерозал – консервант, съдържащ живак, който в миналото се е използвал в няколко ваксини, е вреден за детския организъм, мнението, че бебетата получават твърде много ваксини на твърде ранен етап...