Варненският и Великопреславски митрополит Симеон е роден през 1840 година в Бургас. Негов по-голям брат е първият кмет на Бургас след Освобождението Нико Попов. По мъжка линия се родее с фамилията на Стефан Караджа. След завършване на богословското си образование през 1863 г.