Разделянето на аутобана на път през пролома и извън него е най-евтината възможност И петте варианта за магистрала “Струма”, по които да се премине или заобиколи Кресненското дефиле, преминават през защитени зони. От варианта за дългия 15,4 км тунел до този, при който се заобикаля проломът. Всички трасета преминават през защитените зони