Сергей Църнаклийски е директор на Изпълнителна агенция "Морска администрация" (ИАМА) от 6 ноември 2009 г. Шест години преди това е неин главен секретар. Църнаклийски завършва корабоводене за търговския флот във Висшето военноморско училище във Варна.