Основните проблеми, с които се сблъсква ВиК Варна, са остарялата мрежа, изискваща инвестиции в размери много по-големи от заложените, природните и метеорологичните условия, голямата площ, на която оперира дружеството, и огромният брой от обслужвано население, липсата на устойчиви механизми за външно финансиране, некоректните платци и ограничената възможност за справяне с тях.