Истинското му име е Стоян. Получава прякора си "Индже" (от турски "ince", "тънък") вероятно по времето, когато е кърджалийски главатар на дружина в Стара планина, по време на феодалните междуособици в Османската империя от края на 18 век. Според друга версия, описана в „Индже еничарина“ (2006 г.) от Денис Гийо, Стоян е родом от селата северно от Бакаджика. Според последните проучвания на доцент Милю Петров и Янка Велкова Милчева (1939 - 2011) Стоян Индже войвода е роден в с. Попово (Папазкьой), община Болярово, от малък останал сирак, майка му се омъжва повторно в Сливен, затова се смята, че той е роден в Сливен. На седемгодишна възраст е даден от втория си баща в школата за еничари в Цариград, където получава прозвището си заради фигурата си и големите си способности на боец...