Създател и първи директор на Националната здравноосигурителна каса (НЗОК) е Илко Семерджиев, а Пенков е негов заместник.

 

При рокадите в правителството на Иван Костов в средата на мандата Семерджиев беше назначен за зам.-министър на здравеопазването. Тогава шеф на касата стана Бойко Пенков (2000-2001 г.).

 

Срещу Пенков беше образувано дело с обвинение, че е превишил правата си като чрез заобикаляне на Закона за обществените поръчки в края на 2000 г. и е ощетил държавата със 760 000 германски марки, сключвайки 

договор с фирмата “Аремис софт”.

 

 

Това е първата фирма, която беше наета да изгради интегрирана информационна система на касата, каквато все още не съществува.

 

 

 

След напускането от НЗОК е главен изпълнителен директор на доброволния здравноосигурителен фонд “Закрила”. От 2003 г. е шеф на тъканната банка “Сайтонет София”.

От юли 2012 г. Бойко Пенков е изпълнителен директор на частната болница “Софиямед”.

 

Другият зам.-здравен министър, назначен от Пламен Орешарски – д-р Чавдар Славов, е национален консултант по урология, бил е шеф на клиниката по урология в Александровска болница.

 

Трудовият му стаж започва в Окръжната болница в Кюстендил, родният град на Мая Манолова.