Френският архитект Jacques Rougerie е подписал за проектиране на музея, който ще се състои от тунели от фибростъкло, които свързват галериите на брега с подводните изложбени площи, позволявайки на посетителите да се движат между двете пространства. Rougerie е създал кариерата си от уникални водния структури, на който наскоро е проектирана самоподдържаща плаващ град, известен като City of Mériens.

Проектът, наречен Подводен Археологически Музей на Александрия, е срещал редица пречки по пътя ци. Заливът попада в обхвата на Конвенцията на ЮНЕСКО за опазване на подводното културно наследство, а водата е силно замърсена, което ограничава видимостта под водата. ЮНЕСКО си сътрудничи с египетското правителство при опитите за почистване на залива, така музея може да продължи напред.

Няколко агенции и фирми са работили заедно от 1998 г. върху изследванията и развитието на проекта. Като предпроектно проучване е проведено през 2009 г., но политическите вълнения в Египет през 2010 г. довели до закъснение от повече от две години. В края на 2013 г. ЮНЕСКО го вдига отново и напредъкът е бавен, но постоянен от тогава. Очаква се проектът да струва около $150 милиона.